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佛教也同样的纠正了很多错觉。我国向有‘天无二日’的古语，但佛经上说三千大千世界就有十万万个太阳，幸而中国的帝王气度大，没有把大逆不道的罪名，加诸佛经，像哥白尼所受的一般。现在天文镜里证明天空里所有密集的恒星，一个个都是太阳系。又如我国诗文中常常提到月有阴晴圆缺之句，月的圆缺本是古人的错觉，若月球果有圆缺，则又是谁把它凿缺？谁把它补圆？佛经上说得好，它不说圆缺，只说白月黑月，这不啻说明了月球反射日光的全部道理。凡是没有读过生理学的，都以为我这个身体，只有‘我’一个人独占，那里知道这个肉身里有许多种微生虫盘踞着，和‘我’一同享受。佛在二千五百年前竟大胆的告诉我们，说人身是虫巢，大别之，有八十种虫，详见‘治禅病秘要经’及‘正法念处经’。佛经不单说出各种虫的名字，而且描绘它们的动作形态。在科学没有发达以前，要一般人信受此说，真不容易。佛确说得这般清楚，而且佛自说，如来是真语者、实语者、如语者、不诳语者、不异语者，但这样微小的虫既非肉眼所能见，当时又无显微镜可供人检视，如何能教人彻底了解。现在则稍具生理学常识的人，就很容易接受了。佛经上又说佛观一勺水，中有八万四千虫，现在也觉得没有问题了。
在代数没有发明以前，大家只承认正数而不承认负数和零，更不晓得什么叫做幻数。这表示那时人类对于数的认识并不圆满。佛教对于任何观念都很圆满周遍的，例如说触觉，普通只认身物相合为触，不知触离时亦有所觉，若离时不觉其离，则合时亦将不觉有合，故佛经于合时名合触，离时名离触，亦犹代数中于正数之外，亦承认零数。又如说乐是乐受，苦是苦受，不苦不乐叫做舍受，相当于正负零三个位置。又如说善恶之外，把非善非恶叫做无记。这都表示佛教说法的圆满，有与科学精神相同而又超过常识的地方。
还有一件事，是科学和佛教同样破斥的，就是灵魂。一般人相信灵魂的理由是：人的躯壳是肉体、是物质，物质是无灵知的，所以必须有个有灵知的灵魂来主使它，譬如一辆汽车，必须有一个司机去驾驶它。这个灵魂是藏在肉体里的，肉体有了灵魂就成活人，灵魂离开了就变成死人。此说好像言之成理，但拿逻辑或因明学来测验一下，就发现它的过夫来了。我们现在问他：这个灵魂是物质的，还是非物质的？他若说是物质的，则此物必有长短重量，现在人体的解剖学已很发达，人身各部分构造，知道得很清楚，虽小至细胞细菌，也各各知其名称作用，但从未发现一件不知名称作用的奇怪东西，若说此物在解剖前或者在人死时早已发出体外，然此灵魂既为物质，则如无动力推动，决不能自飞，若藉人身内的热力射出体外，则死人周围必可找到。况且物质是无知的，灵魂既是物质，则肉体又何需乎另一无知的物质之主宰？若说物质有知，则肉体自有知，更何需乎另一有知的物质为之主宰？所以说灵魂是物质的，决不能证成他的理论。他若说灵魂是非物质的，则我们要问：非物质的东西，怎么会在身躯内跑进跑出？既然说跑进跑出，就不能说是非物质了。
佛教既破斥灵魂，那未生时作主宰，死时受轮回的又是什么呢？佛教的解答是：因为这个东西是万物的本体，是无形无相，不住内外，不出不入的，佛教强名之曰神识，曰佛性。神识是指被物欲蒙蔽了的本体，佛性是指没有物欲系缚的本体，其实是二而一、一而二的。它和一般人所说的灵魂，是有本质上的不同，人们认为灵魂是有形相的，是住在身内的，是能出入的。不过，话得说回来了，神识佛性虽然无形无相，不住内外，不出不入，然而遇缘成熟，也可以显示出入内外有形有相的物质，所以它既非物质又非非物质。现代科学家对于这个问题，还没有能力去加以解答，祗是武断地说：‘没有这回事’，就以为破斥完毕，而佛教则以佛亲证的现量，能说明是非，剖释真伪，同时指示我们用各种的法门修行，以便和他同样证得真理。
所以科学和佛教真是世界上的两盏明灯，它们照破了世间的愚闇，解除了人们的迷执，使人类的智慧得以无止境的发展，而达到无上的正觉。可惜现代的科学还只限于明了物质的相貌，凡有关于心的部分，仍非借重佛教的一盏慧灯，不足以破闇除迷。例如关于人身各种器官的感觉部分，就牵涉到心的问题，由这种种感觉引起许多心理作用（百法明门论称之为心所有法），佛教对此研究得很精细，远非现在的心理学所能企及。今假定我们听一个音乐家演奏某一个名曲，耳识就辨出它的旋律，意识随即分别出它的情调，由此引起许多心所，使我们感觉到优美悦耳，遂发生种种幻想，因而起爱好心，恋恋不舍（若就法相宗的名词来讲，就是引生了触、作意、受、想、思、贪、痴、放逸诸心所）。这是指对于音乐已有相当训练的人说；若是一个根本不懂音乐的人，则听了此曲之后，他根本不知道什么旋律，更懂不得情调，只觉咿唔满耳，非但不发生爱好心，恐怕反而会讨厌。若就物理学的分析，这一支名曲，不过是一连串的空气波，包含着各种周波率的正弦曲线（亦名谐波），这就是耳膜受到空气波振动时的真实状态。耳根的现量境界就是如此。从耳识所辨出的旋律，意识所辨出的情调，在这许多正弦曲线上是无法找出来的；至于受好和厌恶，绝然相反，更非曲线上所能有。我们往往忘却了这一点，把耳识意识所分别所引生的东西，硬加在这一串曲线所代表的空气波上，而执为实有，——这是我们最大的错觉。这种错觉已不知不觉的深入我们的膏肓，除了佛教以外，再无人指出此错误。——于是大家都说，这是一支哀艳的名曲，好像哀艳是此曲所实有，而忘却了这是唯识所变。又如葱蒜，喜食者谓之为香，不喜食者谓之为臭，若香臭味为葱蒜所实有者，则不应因人而异。
（二）扬弃情感
佛教可说是专门在找出人们的种种错觉幻觉，而加以合理的纠正，使人们走上觉悟的大道。所以佛教是纯理智的，非惟不杂一点情感，而且竭力的扬弃情感，这是和科学完全相同的。哲学虽也特重理智，但持论立说，终不免有门户之见，党同伐异。其他社会科学，要亦未能免此。至文学艺术则偏重情感，情感盛则理智弱，故文艺的评价，千古无定论。情感与理智往往是互为消长的，一个人受到情感的冲动时，理智常因此消减，也可说被情感所蒙蔽；反之，当理智发扬的时候，情感（例如恐怖、贪爱等心理）也会消减，理智如日光，情感如浮云。即如爱子之情，虽属人伦至情，往往使父母对子女的行为判断错误。又如爱国的热情，虽不是私情，但有时会失却理智的控制，而酿成惨祸。至如男女恋爱情热，则往往做出不智的行为，甚至作最愚痴的情死。在佛教的立场看，这种种情感虽有公私轻重之分，同为痴爱则一，皆在净化之列。所以楞严经说众生的升沉六道，以情想来分，想多即升，情多即沉，纯想升天，纯情入阿鼻狱，情想均等，生于人间。
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