黄老灵体在家中停留期间，大家昼夜助念，美国的弟子叶太太多次闻到灵体发出的奇香，美国的周佩臻弟子也数次闻到奇香（这二位弟子闻到奇香后，就速飞抵北京）。在3月28日凌晨，一位齐居士（在京弟子）在灵前助念时，听到遗体处，老人也在与大家一起念“南无阿弥陀佛”！     

在4月2日，即老人往生后第七天，台湾莲华精舍的沈居士在家中佛堂为老人助念，当他念到极为清净处，突一发心，顿见供于老人灵牌前面的油灯灯芯竟蹦出两粒元宝舍利（油灯正在燃烧），现此二粒舍利已供于舍利塔中（沈居士是老人在台之密宗弟子）。     

老人4月7日火化，已是去世后第八天，家人抬遗体时，觉得柔软，手指都能活动，并感到遗体明显变轻，时而发出奇香。是日 8点-10点，于八宝山礼堂举行告别仪式（有数百人参加），10点15分至10点50分火化，由于要观看火化的人太多，结果全被请了出来，只有两位比丘尼（北京通教寺的昌图师和圣慧师）偷偷钻进了火化控制室，她们亲眼见到遗体在火化的时候，三次放红光和绿光，并且遗体上空呈现由光组成的白色莲花。     

火化后，老人随身带去的念珠经大火而不坏，遗骨洁白如玉，并从骨灰中拾得五色（红、黄、白、绿、黑）舍利三百余粒。    

黄念祖老居士，尊为净土宗师，他的遗教随着他的示疾往生，猛然觉醒了大家。从广化寺举办的往生回向法会、京都佛教界四众弟子云集八宝山随喜荼毗法式，观人们至诚敬仰的心情，远远超出仪式所表，大家更加明白了黄老的悲心所示，无常觉照了学修迫切性，很短时间内众多居士表示专修净土，以读诵《大经》为日课，“净修捷要”为晚课，持名念佛为方便，加紧地用功修持。广化寺在历时三年“广化念佛会”的基础上，明确今后的法会，将以《大经》为主题，兼听净土宗经解录音磁带，有志带领在家学众专弘专修净土，与有缘者同圆种智，同生极乐。