与此同时，一些留学美日欧归来的学者，以西学的观点张冠李戴地批评中国历史文化，提出打倒“孔家店”，有的还主张“全盘西化”，发动了一场新文化运动。这场新文化运动对我国引进西方文明，推动思想解放起了重要的历史性作用。但是，由于它彻底否定中国传统文化，甚至主张铲除中国历史文化之载体－－汉族，引起了当时许多知识分子，包括学贯中西的文化大家辜鸿铭等人的极力反对，认为那是自毁长城，切断民族文化命脉。然而，中国历史文化最终难免在“愚昧、封建、落户”的标签下，被批评扫荡，几近断灭，这是中国历史文化亘古未有之变局。百年来的文风乃至大众思维，也由此一改中国传统文化的温柔醇厚之风，一变而为尖酸刻薄、偏激极端。由此，整个二十世纪，西方来的各种思想在中国主流舞台上激荡纷呈。同时，困惑与求索，痛苦与不安，争论与争议，也从未停止过。人文文化的荒芜，造成了信仰危机、道德危机、灵魂危机、社会危机……

南师就成长在这个令人窒息、令人悲愤的忧患环境，亲眼目睹了国家和民族命运处在生死存亡的边缘，青年时代的他忧心如焚。抗日战争爆发，南师激于民族大义，投笔从戎，跃马西南，屯垦戍边，在川康云贵边境任大小凉山垦殖公司总经理兼自卫团总指挥，驰骋一方。他有一首诗反映了这段时期的豪情万丈：“东风骄日九州忧，一局残棋尚未收。云散澜沧江岭上，有人跃马拭吴钩！”后来，鉴于国民党中央和地方势力各有图谋，南师审时度势，改变了人生方向，挂印而去。在办了一段时间的报纸后，他重返成都，在中央军校学校并担任武术教官与政治指导员。南师的老学生王启宗先生曾回忆道：“几乎已经是半个世纪以前的事了。记得那时正值日本军阀对我发动侵略，全国上下奋起抗战，一般爱国青年无不热血沸腾，纷纷投笔从戎，救亡图存。当时我也投身军旅，于役重庆，一日见报载：“有一南姓青年，以甫弱冠之龄，壮志凌云，豪情万丈，不避蛮烟瘴雨之苦，跃马西南边陲，部勒戎卒，殚力垦殖，组训地方，以巩固国防。迄任务达成，遂悄然单骑返蜀，执教于中央军校。”在中央军校期间，那时结识袁焕仙大居士而悟道，遂立志重续中国文化断层，并离开了军校。

历经了艰难困苦的八年抗战，人民迫切期待国家的和平安定，想不到又要面对两党两军更大规模的内战，南师忧心忡忡。1947年，他回到温州乐清老家动员父母妻儿离开大陆，老父亲不为所动，反劝他赶快离开。于是，南师分别到杭州天竺和庐山天池寺清修。后到上海，期间曾奔波于南京与杭州两地，搭救了亲近共产党而被列入国民党特务计划杀害名单的巨赞法和尚。

1948年，南师曾自行到台湾考察。1949年2月底，他终于辞别不肯离乡的双亲和妻儿，断然只身赴台。开始，他栖身于基隆海滨一陋巷，看到“2.28”事件冲击之后的台湾，加之1949年开始的两岸分治，社会动荡，人心惶惶。当时谋生困难，先于几位朋友办了一家“义利行”公司，从事琉球到舟山的货运，开始赚了一笔钱。但好景不长，总经理因贪多，没有听从他的嘱咐，导致三条机帆船被舟山国民党当局征用，损失价值一万根金条，血本无归。南师一生就此次做了一回生意，不想时局动荡害他一夜之间破产，一段时间靠典当过日子。但即使在这样的困难时期，他仍洒脱超然，不为困境所拘，并请不忘接济邻。在基隆期间，南师曾应詹阿仁先生等人请求，开讲了多次禅修课程。

不久，南师离开基隆迁往台北。鉴于胡适对虚云老和尚的攻讦（jie2声），以及铃木大拙的禅学流向台湾，南师亲笔著作了《禅海蠡测》，并于1955年出版。六十年代初，台湾中国文化学院聘请南师为教授，接着辅仁大学也邀请南师教哲学、易经。南师讲课厚积薄发，通俗生动，大受学生欢迎。“南怀瑾”三个字不胫而走，请他讲课的学校和社会名流也越来越多。

1970年代，南师先后创办东西精华协会，创办《人文世界》及《知见》等杂志，成立老古文化事业公司，出版《论语别裁》等著作。1980年，南师受洗尘法师邀请，主持十方丛林书院教学。南师弘扬中华传统文化，一步步有了更大的平台，传道授业扩大到更广的范围，走出学校，走向社会，桃李满园，影响朝野，进入《周易》所说的“举而措之天下之民”的阶段。南师在台弘扬文化期间，不仅忘我地投入全部精神与财力，且不惜举债办教育，乃至为培养人才，还供养部分出家在家的穷学生学习。来听南师课的人中，出家在家、三教九流、中外学生，从平民到军政要员，南师一视同仁，有教无类。

然而，当南师文化事业顺利展开之际，政治风云突变，因平日来听课的高官重臣众多，南师被视为“新政学系领袖”。一九八五年，年近古稀的他，离开了居住三十六年的宝岛，移址美国，避开了台湾的复杂环境和人事纠纷。南师有诗记之：“不是乘风归去也，只缘避迹出乡邦。江山故国情无限，始信尼山输楚狂。”

在美三年，南师不仅考察了美国，也考察了欧洲，同时加强了与大陆亲朋的联系。他既了解大陆历经 (发布者: 欢迎投稿，网站:无量光佛教网，讨论请进入:佛教论坛)