《玄奘本》：『此是诸佛甚深所行，难可信解。』

又言：『一切声闻、独觉，及未登地诸菩萨等，皆悉不能如实信解，唯除一生所系菩萨。』

另外《晋译本》中也说：『其世间人虽有眼耳鼻舌身意，人常用是六事以自迷惑，但信世间魔邪之言，不信至真至诚，度世苦切之语，如是辈人难可开化也！』

又说：『唯有百亿诸菩萨摩诃萨。当信是言耳。唯有十方三世诸佛当信是言！』

由此可知对诸佛甚深所行生起真实信心之不易，更显示了药师法门之殊胜难得。
此处经文举出只有等觉菩萨与诸佛能够如实信解：其本意是诸佛的甚深智慧功德境界，薄地凡夫是无法真实了解的；然而我们可以藉由相信这些诸佛菩萨为我们所示现的信心而起信，因为连这些佛陀及大菩萨都相信药师佛的本愿功德名号了，何况作为凡夫的我们，为什么只相信自己的浅智、有漏感官呢？

（一）三心：

往生论注提到：称名忆念尚不满所愿者，乃因有三种不相应之故，即：「一者、信心不淳，​​若存若亡故。二者、信心不一，无决定故。三者、信心不相续，余念间故。」

（1）淳心：
    为信心坚固之心：诸佛所言无有异，坚决相信、恭敬尊重佛说之药师佛本愿功德。

（2）一心：
     为只信不疑之心：阿难言：「唯唯天中天，我从今日以去无复尔心，唯佛自当知我心耳。」

学习阿难尊者，对佛的信心，从此没有第二心。
     行者决定专修、专弘药师法门。

（3）相续心：
    为常续不断之心：经中说：「若闻我名至心称念」、「若闻我名，专念受持」，即是专修专念之心。
    不被其他俗念、杂念所乱。

（二）四信：

（1）「信真如」：
     闻我说深妙之法无上空义，应生信敬贵重之心，必当得至无上正真道也。

（2）「信佛宝」：
    一切如来身语意业无不清净。
     世尊！
     此日月轮可令堕落，妙高山王可使倾动，诸佛所言无有异也。
     信药师佛所发十二大愿真实绝无虚妄，信释迦佛所说亦绝无二言。

（3）「信法宝」：
     信佛所说药师经决定有大利益。

（4）「信僧宝」：
     谓信百亿诸菩萨摩诃萨及十方三世诸佛所相信的药师琉璃光佛本愿功德名号。

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