窥基一来便说：“陛下要我出家，可以！可是我有三个条件。”唐太宗一听就说：“你要多少个条件都可以。”窥基就说了：“我最欢喜喝酒，我不能没有酒，无论我到什么地方，都有一车的酒跟着。”唐太宗心想：“出家人是戒酒，可是玄奘法师告诉我，不管什么条件都答应。”于是就说了：“好！我答应你。第二个条件呢？”窥基说：“我知道出家人不可以吃肉，可是我欢喜吃肉，无论我到什么地方，后面都有一车新鲜的肉跟着。”唐太宗说：“我答应你。第三个条件呢？”

窥基没想到皇帝会答应他的条件，所以就说：“出家人不可以有太太，可是我离不开女人，无论我到什么地方，必须有一车的女人跟着。”他心想：“这个条件，皇帝无论如何一定不会答应的。”唐太宗心想：“哎呀！这怎么能答应呢？可是玄奘法师已经嘱咐我，不管什么条件一定都要答应。”所以就说了：“好！我完全答应你，你现在可以出家了吧！”

窥基没办法，就很勉强出家了。所以在出家那天，后面有一车的酒、一车新鲜的肉、一车美女，陪着他一起到大兴善寺出家（编按：大兴善寺是玄奘法师的译经场），庙里知道窥基要来出家，所以敲钟击鼓来迎接他，窥基一听到钟鼓的声音，豁然大悟：“啊！原来我就是那个老修行，来帮助玄奘法师弘扬佛法，”于是乎把后面的三车遣回去，什么都不要了。所以后人，称窥基为三车祖师。

玄奘法师取回的《唯识三十颂论》有十家，玄奘法师皆译为华文，按照论中的意思，一字不减，一字不添，照原意译出。此时窥基担任整理论文，玄奘法师将十家之论译完之后，窥基要求玄奘法师：“这十家的论，各有其长，各有其异，若不统一，令今后学者，有歧路亡羊之苦恼，不如去其糟粕，留其精华，合成一本，令今后研究唯识的人，获得统一的结论。不用浪费时间，而得到法要。”玄奘法师同意他的见解是正确的，所以产生一本唯识论，即是现在《三十颂唯识论》。后来玄奘法师又传授他“因明学”，成为唯识专家，宣扬唯识思想为宗旨，成为当代大德，为“唯识宗”第二祖。

玄奘法师回国第二年，奉诏撰《大唐西域记》一十二卷。于唐显庆五年（公元六六○年），玄奘法师五十九岁时，开始译《大般若经》。梵本有二十万颂，玄奘法师广译，不敢删略，一如梵本，经过四年的时间，译成六百卷。次年，拟译《大宝积经》，不幸，患病而辍笔。

唐麟德元年（公元六六四年）二月，玄奘法师圆寂，年六十有四，葬于樊川北原。玄奘法师所译的经典有七十五部，一千三百三十五卷，成为中国四大译经家之一。其弟子甚多，以窥基、圆测传承唯识，普光、神泰传承俱舍。

隋唐二朝，是佛教黄金时代，百家争鸣，祖师辈出，各创宗派，当时有十宗，小乘有二宗，大乘有八宗。其中“三论宗”和“唯识宗”的思想，完全保存天竺原有的思想，原封不动，搬到中国来。另外“天台宗”（以《法华经》为宗）和“贤首宗”（以《华严经》为宗）的思想就变质了，将中国的思想掺杂在内，这四宗是研究佛理，成为教门。乃至演变成现在的五宗派：教、禅、净、律、密。其实目的是同入究竟涅槃，不过修持方法有所不同而已。