种姓又叫种子、或称曰界。种姓有二种：一是本性住种姓，无始以来法尔而有；一习所成种，后天熏习而成。种姓的作用，如该《论》中《菩萨地》说：以诸菩萨自乘种姓，为依止故，为建立，有所堪任，有大势力，能证无上正等菩提，是故说彼自乘种姓，为诸菩萨堪任性持－－－。住无种姓补特伽罗，无种姓故，虽有发心，及修加行，为所依止，定不堪任，圆满无上正等菩提。
《瑜伽》在声闻地中说到声闻行果时，也强调声闻种姓的作用，以为三乘行果的建立，必须要具有三乘种姓为因，假如三乘行者不具有种姓，即使修行也是枉然。
五姓名别说自从《深密》、《瑜伽》提出后，经过十大论师的提倡，为中国唯识宗所继承，传说玄奘大师将唯识教授慈恩的时候，即曾告诉他：五姓宗法，唯汝流通。慈恩果然不负师托，大大弘扬五姓说。如《枢要》说：
若尔者，有无二姓，俱圣所说，更有何故，乍许有姓，不详无姓？三乘众生，皆乘所被，更有何由，乍许有姓，不详无姓？三乘众生，皆乘所被，更有何由，乍许大乘定姓，不许二乘定呢？此等教理，皆如磐石，谁人得动，若以法华等皆成说，为其证者，我以深密等五姓说，为其诚证；若以法华开三显一，为其由者，我以深密，会五立一，为其所由，若以法华说相严重，为超过余教之德者，深密华藏世界所说，教主即是庐舍那佛，正机即是观间、弥勒等，诸八地以上大士，一部五卷正宗七品，文文悉尽性相奥府，品品自称究竟了义，在于十八圆满报上，说了义教，是何耶？对于至极深位大士演浅法门，亦何用耶？何况法华虽会三乘，未会五姓，深密分明和会一乘，法华未说大乘性相，深密说回向菩萨，声闻成佛，两教隐显，思可知之。
一姓成佛依《涅槃》、《法华》立论，为三论、天台、华严诸宗所主张，它代表着传统佛教，在中国有雄厚的势力；五姓各别的观点，与一姓成佛的思想，正好相反，在当时的教界要立住脚势必很困难，所以窥基大师在这里，进行了不厌其烦的比较说明。
今天我们学习唯识，自然也没有必要去和会它，两个体系，两种思想，本来就是不同，佛陀对机设教，教法岂能一概，学者根据任何一门修行，都能成就佛果，倘若对教法作比较，在是非上下功夫，不但无功，反而有过。
十一、三时判教
判教，是对佛陀一代教法按其深浅及前后次第所作的分判，在中国佛教的几教派中，都流行判教，且所见各异，如天台判五时八教，贤首的五教，三论宗辨三种*轮。唯识宗则依本经，建立三时判教。
三时判教的提出，是胜义生菩萨听闻佛陀显了说明一切法无性(三无性)道理后，抚今追昔，回忆如来一生所说的言教，作了义不了义的区分。其内容如《无自性相品》说：
尔时胜义生菩萨复白佛言：世尊初于一时在婆罗 斯仙人堕处施鹿林中，唯为发趣声闻乘者，以四谛相转正*轮，虽是甚奇甚为希有，一切世间诸天人等先无有能如法转者，而于彼时所转*轮有上有容，是未了义，是诸争论安足处所。世尊在第二时中，唯为发趣修大乘者，依一切法皆无自性，无生无灭，本来寂静，自性涅槃，以隐密相，转正*轮，虽是甚奇甚为希有，而于彼时所转*轮亦是有上有所容受，铖未了义，是诸诤论安足处所。世尊于今第三时中，普为发趣一切乘者，依一切法皆无自性，无生无灭，本来寂静，自性涅槃，无自性性，以显了相，转正*轮，第一甚奇，最为希有，于今世尊所转*轮无上无容，是真了义，非诸争论，安足处所。
三时教理的区别就是隐密与显了，了义与不了义的不同。在如来一代时教中：初时阿含偏说有，隐去了遍计所执的空无，第二时般若教偏说空，隐去依他、圆成之有，唯第三时具显空有，说三性三无性。因此，第三时为显了说，而前二时是隐密说。
又了不了义者，三时中前二为不了，第三时为了义。因为第一*轮隐空说有，第二*轮隐空说有，第二*轮隐有说空，是为不了；第三*轮具足显示了空有中道，是为了义。这种了不了的分别，是根据教法显现的全面不全面，并非说三时教理有浅深的缘故。
十二、瑜伽止观
从学习唯识理论到证得诸法唯识之理，这里有一个必要过程，就是修习瑜伽止观。
如何修习止观呢？佛陀告诉慈氏菩萨说；首先要有无上菩提之愿，然后依止十二分教，如本经《分别瑜伽品》说：
(十二分教)菩萨于此善听善受，言善通利，意善寻思，见善通达。即于如是善思惟法独处空闲，作意思惟，复即于此能思惟心，内心相续，作意思惟，如是正行多安住故，起身轻安及心轻安，是名奢摩他。
菩萨听闻了十二分教，到寂静处，专心一意，如理思惟，相续不断，起身心轻安是名为止。《经》上又说：
如是菩萨求奢摩他，彼由获得身心轻安为所依故。即于如是所善思惟法内三摩地所行影像，观察胜解，舍离心相，即于如是三摩地影像所知义中，能正思择，最极思择，周遍寻思，周遍伺察，若忍若乐若慧若见若观，是名毗钵舍那。
菩萨依教理作意思惟，制心一处，获得了止，同时又对三摩地中所缘境界，进行观察抉择则名为观。
止观种类很多，从对所缘境深浅观察不同，建立三观：
即于三摩地中所缘似法似义之相分境，生起观察，为有相观；为善解了此观境故起思量推察，是寻求观；于此观察解了已，如实缘之，为伺察观。依此三观施设三止。从众生根机不同止观所获处所各异：建立依法止观与不依法止观，即从十二分教的学习，依其义理修行，为依法观；从某善知识教诫教授修行，为不依法止观。又对十二分教总缘别缘的不同，建立总别止观，即缘各别契经或契经中各别含义，修行止观，是缘别法止观。总缘一切法或缘诸法总相，作真如解，修行止观，是缘总法止观。又根据分别教法粗细有无，建立三种止观；即于法相粗显分别领受，是有寻有伺止观；微细忆念教法，领受观察所有止观，是无寻惟伺，于诸法相都无领受观察，是无寻无伺止观。
止观所缘境事有四种：一者有分别影像所缘境事，是观的境界，可以分别抉择：二者无分别影像所缘境界，是止的境界，止是心专注一处，不起分别；三者事边际所缘境界，有尽所有性和如所有性；尽所有性从外延观察诸法，如缘五蕴等；如所有性从内函实质观察诸法，如缘七真如等。四者所作成辨所缘境事，是修行成就时所缘境界。四种所缘在修行过程中，前二种通地前，进入地上则有三种，成就佛果后，四种都能具备。
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