在今天科学昌明的时代，人类对科学的崇尚甚于其它任何一个领域。在很多人看来，佛教能否被很好地接纳，取决于与科学的兼容性。在近代科学史上，连续发生了三次科技革命，大大提升了社会生产力。科学技术在推动社会进步中所表现出来的巨大威力，已经渗透到人类生活的方方面面，这让很多人产生这样一种信念：科学的研究方法是绝对可靠和非常有效的！而此研究方法也被强行应用到包括哲学、人文和社会科学在内的各种研究领域。这种做法容或会给其它领域的研究带来一些启发，但如果认为不这样做就是不科学、就不值得信赖的话，这种认识本身是不完全归纳形成的主观判断，无形中已经偏离了科学客观严谨的精神。爱因斯坦曾经说过：“科学不能创造目的，更不用说把目的灌输给人们；科学至多只能为达到目的提供手段。但目的本身却是由那些具有崇高伦理理想的人构想出来的。……由于这些理由，在涉及人类的问题时，我们就应当注意不要过高地估计科学和科学方法；我们也不应当认为只有专家才有权利对影响社会组织的问题发表意见。”（《爱因斯坦文集》，商务印书馆，1979年，第三卷：268页）太虚大师对此也有过善意的提醒：“科学亦有一种执着牢固莫解，则执着此方法为求得真理之唯一方法，而不知法界实际尚非此种科学方法之可通达也。”（《佛学与科学——新时代的对话》，北京佛教文化研究所：7页）实际上，对事物的研究方法往往会因研究领域的不同而有所不同，企图用现代的科学方法来研究所有的领域，就好像企图用牛顿物理学来解释和解决一切物理问题一样，有以偏概全的盲目性。
佛教是要彻底明了宇宙人生的真相，帮助一切众生离苦得乐，其研究的对象涵盖了精神世界和物质世界，并以精神世界的研究为主。精神世界不同于物质世界，它无形无色，无法用现代科学仪器明显探测，传统科学研究方法也就力有不足。佛教认为人类痛苦的根源在于内在的无明，当这种无明破除以后，痛苦就会自然消失，快乐就会自然生起。这样得来的快乐是一种永恒的快乐，并不特别强调依赖外在的条件。如《大般涅槃经》说：“善男子！菩萨摩诃萨于净戒中虽不欲生无悔恨心，无悔恨心自然而生。善男子！譬如有人执持明镜，不期见面，面像自现；亦如农夫种之良田，不期生芽而芽自生；亦如然灯，不期灭暗而暗自灭。善男子！菩萨摩诃萨坚持净戒，无悔恨心自然而生亦复如是。……菩萨摩诃萨不作恶时名为欢喜，心净持戒名之为乐。”（卷第十七）《大智度论》说：“是乐二种：内乐、涅槃乐。是乐不从五尘（色、声、香、味、触）生，譬如石泉水自中出，不从外来，心乐亦如是。”（卷第八）因此为了究竟离苦得乐，佛教主要并不是要改造外界，而是要破除内在的无明。但这是一个漫长的过程，而且有其必然的方法与途径，这就是佛教里面常说的“闻、思、修”与“戒、定、慧”。

佛教与科学有着不同的使命，科学面对的永远是未知的领域，科学家永恒的责任和使命就是探索新的现象、发现新的规律；而在佛教里，佛陀已经彻证了宇宙人生的真相，并将这些真相在佛经里做了详细的描述。那么要想破除无明，第一步就是要学习和了解佛的这些认知，这就是“闻”。所谓的“闻”，就不是随便看看而已，泛泛而观是看不出一个所以然来的。为什么？佛经描述的是佛的境界，也就是觉者的境界，凡夫很难领纳，所以要靠有教有证的善知识来诠释其中的内涵。这个阶段与科学知识的学习不同，对于科学知识的学习，世间也会有很多无师自通、自学成才的人，但对于佛法的学习，如果没有善知识的引导，成才的可能性几乎没有。自己找几本佛经，随便看看，就以为懂了，实际上可能连佛法的门还没有进入。通过听闻，领纳佛法真实的内涵以后，还要进一步思维所领纳的佛法道理，并在生活中观察。通过思维观察，内心对事实的真相生起确信不移的认识，这就是“思”。这个阶段与科学知识的学习有类似之处，都是要经过一个思辨的过程，所学的知识才能内化为自己的认知。到此还没有结束，还要根据已产生确信的认知进行“修”，也就是利用已内化的认知来改造内在的精神世界。

那么如何“修”、如何改造内在的精神世界呢？那就要依靠“戒、定、慧”。所谓“戒”，就是行为的规范，在生活中，该做的就去做，不该做的就不做。佛教认为，人的身、语行为是人内心世界的反映，反过来也会影响人的内心世界。符合规范的身、语行为可以让人的内心世界变得有规范，明了是非善恶；没有规范的身、语行为会让人的内心世界变得放荡不羁，杂念、妄念纷飞。有了扎实的戒的基础，就可以进一步修习禅定。所谓“定”，就是内心的专注，不受外界的干扰而专注于已发定解的认知上。在这种状态下，再去观察思择，就能产生很强的改造精神世界的力量和功效，从而开启心性的智慧，破除内在的无明，这就是“慧”。一旦智慧显发，一个人所体验的境界便是佛的境界，是觉者的境界。在这种状态下，所有的痛苦都消失了，能感受到的就是无尽的喜悦。这就像是一个生了大病的人，经过一番诊断、治疗，而被完全根治以后的感觉：病痛消失了，得到康复的喜悦，这就是内在精神世界改造的结果。而利用科学知识改造外在物质世界，只是使人的需要得到暂时的满足，生活变得更加舒适和便利。这样一个过程，就好像一个病人，通过各种方式让病痛舒缓，但实际上病根还在，因此所得到的舒适和快乐都是很短暂的。如《大智度论》说：“五识（眼识、耳识、鼻识、舌识、身识）不能分别，不知名字相，眼识生如弹指顷，意识已生。以是故，五识相应乐根不能满足乐，意识相应乐根能满足乐。”（卷第八）《瑜伽师地论》说：“乐有二种：一、非圣财所生乐；二、圣财所生乐。非圣财所生乐者，谓四种资具为缘得生：一、适悦资具；二、滋长资具；三、清净资具；四住持资具。适悦资具者，谓车乘、衣服、诸庄严具、歌笑舞乐、涂香花鬘、种种上妙珍玩乐具、光明照曜、男女侍卫、种种库藏。滋长资具者，谓无寻思轮石槌打、筑蹋、按摩等事（谓无推求寻思之心，以轮转石槌打、筑蹋其身，令身滋长。此是按摩之法）。清净资具者，谓吉祥草、频螺果、螺贝、满瓮（瓫盛满物，以赠行人）等事（表吉祥相）。住持资具者，谓饮及食。圣财所生乐者，谓七圣财为缘得生。何等为七？一、信；二、戒；三、惭；四、愧；五、闻；六、舍；七、慧。……非圣财所生乐受用之时不可充足，圣财所生乐受用之时究竟充满。又非圣财所生乐有怖畏、有怨对、有灾横、有烧恼，不能断后世大苦；有怖畏者，谓惧当生苦所依处故；有怨对者，谓斗讼、违诤所依处故；有灾横者，谓老、病、死所依处故；有烧恼者，谓由此乐性不真实，如疥癞病（如患疥时闷极生乐，似乐实苦，妄生乐想，世乐亦然；癞为虫钻，妄生乐觉，富贵亦尔），虚妄颠倒所依处故，愁叹、忧苦种种热恼所依处故；不能断后世大苦者，谓贪、瞋等本、随二惑所依处故。圣财所生乐无怖畏、无怨对、无灾横、无烧恼，能断后世大苦，随其所应，与上相违，广说应知。”（卷第五） (发布者: 欢迎投稿，网站:无量光佛教网，讨论请进入:佛教论坛)