药师法门通常有七尊佛：南无善名称吉祥王如来、南无宝月智严光音自在王如来、南无金色宝光妙行成就如来、南无无忧最胜吉祥如来、南无法海雷音如来、南无法海胜慧游戏神通如来、南无药师琉璃光如来。位在七位中间的是药师琉璃光如来，身放蓝色琉璃光，再加上身旁各三尊，合称药师七佛。所以我们修法观想的秩序，是由第一尊融入第二尊，第二尊融入第三尊，第三尊融入第四尊，然后第五、第六，最后融入药师佛，心里发出蓝色琉璃光，发菩提心念药师咒，而这蓝色琉璃光照耀着病苦者，祈愿众生都能离开痛苦。或是透过慈悲施食，在施食时洒一点牛奶、奶油以及药品来布施给众生。其实药师咒还有另一个用法，就是对着已经死掉的动物肉体念药师咒，在加持水，或吹一口气，或用滑石粉、砂土，洒在尸体上面，同样能够加持这些众生。

药师七佛，每一尊在行菩萨道时，都发愿要护持众生，七尊合起来一共发了四十四愿，所以念药师如来或药师咒时，事实上足以成就四十四愿的。因为众生有好的善愿，每发一个愿就守护这个愿，依愿而行，妳只要不断累积因缘，佛便加持你的愿使其成就。因此若有人平日睡觉常作恶梦，或住处有怪物出现，可以准备丰盛的物品，恭敬供养药师琉璃光如来、修持药师法门，如此一来，恶梦、恶相及所有不吉祥物全都会消失，不会变成祸害；反之，当你修药师法门，梦到不好的东西排出体外时，那就是一种罪障排除的征兆；如果梦到喝下白色的甘露，或有蓝色的琉璃光来帮助我们，这些也是佛力加持的象征。

修持药师法门的殊胜，除了拥有药师七佛的加被，还能有十二神将的护持。当我们在修持的时候，十二大将就会前来护念，这十二大将每一个都有七千个眷属，合起来就有八万四千药叉。所以修药师佛名号，或是念十二大药叉将，要发愿时可以手持五色线，每发完一个月就打一个金刚结，如此药师佛、十二大将将便会加持守护这个愿，直到此愿圆满后再将结解开。最后，在了解修持药师法门有这么多好处之后，希望大家都能努力修持，以期自利利他。